Работа медресе осуществляется за счет денег, поступающих от физических лиц в качестве благотворительности. Бюджетных ассигнований федерального бюджета, бюджетов субъектов РФ ни на нужды института, ни на стипендию студентов не выделяются. Обучение в Медресе КЧР бесплатно, как и проживание в общежитиях с трехразовым комплексным питанием, также обед для всех студентов и сотрудников.